纳巴泰人的起源当代仍不明。在腔调相似度而言，杰罗姆（Jerome，37年-1xx年）提出纳巴泰人和尼拜约人（Nebaioth，在《圣经》《创世记》提及）有关连，但现代历史学家对早期纳巴泰历史持谨慎小心态度。
在前586年发生的巴比伦囚虏使犹太陷入权力真空，以东人移居朱迪亚（今以色列、巴勒斯坦、约旦）的放牧地，纳巴泰人碑铭自此留在以东境内（正值安提哥一世攻击佩特拉失败，早于312年）。
佩特拉或Sela是古以东首都。以东人在巴比伦囚虏得益后进入朱迪亚南部，纳巴泰人趁机占领古以东，成功发展商业，并成为亚喀巴湾海岸和Elath重要海港的主人。
阿加沙克斯（拉丁转译：Agatharchus）认为那段时期对当权者很棘手，因为海盗又再破坏埃及和东方的贸易，直至海盗被亚历山大的托勒密王朝的统治者严惩。
纳巴泰人首次在历史舞台出现已经略带外国文化─自然是阿拉姆文化，他们甚至用古叙利亚文（古阿拉姆人在美索不达米亚北部的方言文字）写信给安提哥皇帝。随着塞琉古帝国衰落，纳巴泰人从部落壮大至王国，把其边界向北扩至约旦以东的富饶国土，但民族自尊没有使放弃使用阿拉姆文（从硬币和碑铭可知)。而纳巴泰人发明的北阿拉伯文字演化为现代阿拉伯文字。纳巴泰人占领了浩兰（阿拉伯文：حوران；拉丁转译：Ḥaurān，今叙利亚南部，在《圣经》《以西结书》47:16-18提及），在约前85年他们的皇帝亚哩达三世（Aretas III）成为大马士革和“叙利亚山谷”（Coele-Syria，今叙利亚、黎巴嫩边境）的统治者。
在伊拉克和叙利亚，纳巴泰人是阿拉姆人的阿拉伯名字，但这是把纳巴泰人误当作从巴比伦尼亚（在美索不达米亚的古城邦，是苏美尔人和阿卡德人的领土）移民的阿拉姆人。
从纳巴泰人的题字可见，上述正当的名应是受阿拉姆文化影响的阿拉伯人。
不过不同群组的纳巴泰人写他们的名都略有不同，所以考古学家不愿说纳巴泰人都是来自同一个部落，或者有任何一个群组属于原纳巴泰人。
从纳巴泰人的题字可见，阿契美尼德帝国灭亡后（前330年），自前200年起阿拉姆语对他们的影响日渐减退。
纳巴泰字母也从阿拉姆字母中分裂出来。反而阿拉姆方言日渐受阿拉伯方言影响。从300年起，阿拉伯的影响取得压倒性优势，换句话说纳巴泰语无痕迹地由接近阿拉姆语转为接近阿拉伯语。
而阿拉伯字母在400年从纳巴泰字母分裂出来，变得连接、草体。
虽然那时没有当代那么干旱，纳巴泰人的土地仍只是荒漠，需要特别的农业系统。其一是把部分地划为多个浅漏斗以在正中种植一棵果树。
荒漠在“雨季”前只会有约干个下雨日，果树的周边范围会崩溃。“雨季”时，浅漏斗集得的雨水会流入果树和被果树下的土壤吸收。如此干旱的土壤被湿润时就会保留并贮藏水分。
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